Diversi utenti hanno chiesto direttamente ad Apple quanto fosse sicura la connessione durante una chiamata con FaceTime. Apple assicura che la connessione avviene con la crittografia attiva da punto a punto, con un id univoco e valido solo per la singola conversazione. La sicurezza sarebbe totale, però, in un caso solo.
A quanto pare, infatti, la sicurezza è garantita al 100% nel solo caso di una connessione con sicurezza WPA 2 Enterprise a 128 bit AES. In questo modo vengono garantiti gli standard richiesti da certi enti americani, soprattutto dalla HIPAA (che si occupa anche delle transazioni elettroniche nel campo sanitario), il cui standard è obbligatorio per poter accedere a fondi pubblici.
In modo implicito si deduce che una connesione WEP non rappresenterebbe l’ideale per comunicazioni riservate, e il relativo protocollo viene ormai identificato come il «protocollo tipo formaggio svizzero», ovvero quello coi buchi.